誰にも気づかれず、人知れず覇権争いをする関東と関西その陰でうごめくのは忍者たち。関西の忍者の末裔は、いつも関東に嫌がらせをし続けている。そんな中、東京の女子高にやってきた４人の転校生。彼女たちの真の姿は、東京を守るために送り込まれた忍者の末裔・JKニンジャガールズだった！