幕末。育ての母、姉を殺された次郎は村人に親殺しの濡れ衣を着せられ、村を追われる。次郎は忍びとして育てられ、長じて父・太郎佐の仇、公儀御庭番・天海への復讐のため、抜け忍となる。だが、父より託された日月螺鈿が施された短刀「カムイの剣」には海賊キャプテン・キッドにまつわる財宝の謎が隠されていたのだった…